برخی افراد در ضرورت طرح مباحثی با موضوع کتاب حاضر، خدشه وارد می‌نمایند؛ به طوری‌که شاید بگویند: «وقتی‌که اسلام از هر سو مورد هجوم استعمارگران و مزدوران آن‌هاست و مکتب‌های استثماری آنان هر روز بر تبلیغات خود به خصوص بین طبقه جوان می‌افزایند و اختلافات و جدایی‌های گوناگون، جامعه مسلمان را به‌سوی انقراض سوق می‌دهد، پرداختن به گفتگوهایی مانند بحث پیرامون مطلب کتاب شهید جاوید، جز هیزم ریختن در آتش اختلافات چه ثمری دارد؟ و چه دردی را درمان می‌کند؟! ما باید بکوشیم اختلافات را کم کنیم و اتحاد خود را محکم‌تر...»
نویسنده «شهید آگاه» در ابتدای کتاب در پاسخ و رد این اشکال برآمده که: «از این اعتراض جز به یک منفی‌بافی به نفع کسانی که به نحوی از انحاء می‌خواهند در بنیان استوار جامعه ما خللی وارد سازند، نمی‌توان تعبیر کرد. اگر از یک مرزی خوب دفاع شد؛ نباید گفت: «چرا از این مرز خوب نگهداری کردید؟» چراکه هر فرد متخصص و واردی باید از مرزهای اعتقادی دینش محافظت کند. با این قماش دلسوزی‌های منافقانه و یا جاهلانه، وقفه ایجاد کردن در کار کسی می‌خواهد از مرزهای تشیع دفاع کند یا از وقوع رخنه‌ای در این سد استوار جلوگیری نماید، جز آب ریختن به آسیاب دشمن نیست؛ زیرا آن‌کسانی که قصد هجوم به مرزها را دارند، می‌خواهند همه مرزها بلادفاع باشد و مرزداران از بیم تهمت و اعتراض و... عقب‌نشینی نمایند.»
نویسنده محترم با بیان داشتن قصد خود از مکتوب نمودن این اثر، فرموده‌اند که مقصودی غیر از آشکار شدن حق و دفاع از قیام سیدالشهدا علیه‌السلام ندارد و نمی‌خواهد احساسات کسی را برانگیزد و یا نویسنده محترم «شهید جاوید» را توبیخ یا تحقیر نماید.
کتاب «شهید آگاه» مانند کتاب «شهید جاوید»، در پنج بخش تنظیم‌شده و در هر بخش به رد یک بخش از آن کتاب پرداخته شده است. مهم‌ترین انتقاد نویسنده به کتاب شهید جاوید این است که تحلیل آن با علم امام منافات دارد و از این رو عنوان کتاب خود را شهید آگاه گذاشته است.
در ضمن ذکر این نکته به جاست که نویسندهٔ «شهید جاوید» از حضرت آیت‌الله صافی گلپایگانی (مؤلف کتاب حاضر) تقاضا نموده بوده که این کتاب را مطالعه فرمایند و ایشان هم به‌طور سریع و اجمال به این امر پرداختند و اساس آن را غلط دانسته است و مختصراً بعضی معایب و نواقص آن را نوشتند و و به مؤلف شهید جاوید تقدیم نمودند و تقاضای مطالعه کردند و خوشبختانه آن‌وقت پذیرفته شد؛ اما ناقد از اینکه چرا ایشان دوباره به فکر انتشار آن کتاب افتادند، اظهار بی‌اطلاعی نموده‌اند.
مقدمه کتاب:
به نظر نویسنده هدف از قیام امام حسین (ع) شهادت بود و نه تأسیس حکومت اسلامی. از این رو کتاب شهید جاوید که هدف امام را تأسیس حکومت اسلامی دانسته است و نه شهادت، باطل است. نویسنده مرقوم داشته است: «آن‌چه از اخبار صحیح متواتر استفاده می‌شود این است که امام (ع) متعبد به قیام و شهادت بوده و شهادت آن حضرت محبوب و مطلوب خداوند بوده و تعبد به شهادت امری بی‌سابقه نیست. به‌عبارت‌دیگر امام مأمور بود علیه یزید قیام کند و ابطال حکومت او را اعلان نماید و امتناع خود را از این بیعت شوم، علنی و آشکار سازد. (ص 34)» همچنین مرقوم داشته است: «بررسی اجمالی و مختصر در احادیث شیعه، دقت در مضمون زیارت‌ها و احادیثی که درباره علوم امامان رسیده و اینکه خداوند علم پیغمبر (ص) را به آنان عطا فرموده، ثابت و آشکار می‌کند که امام از آینده‌ای که پیش رو داشت (شهادت)، آگاه بود و تأسیس حکومت اسلامی و پیروزی نظامی و ظاهری را (که نویسنده کتاب شهید جاوید گفته است). پیش‌بینی نمی‌فرمود. (ص 45)» و نیز نویسنده مرقوم داشته است: «در چگونگی علم امام هرگونه رأی و نظری باشد، در خصوص امام حسین (ع) یقین است که از شهادت خود در کربلا به دست بنی‌امیه خبردار بوده است و نظر به اخبار بسیار که از جد و پدرش رسیده، می‌دانسته تأسیس حکومت اسلامی در برنامه کار امامان، به‌استثنای مدت خلافت ظاهری حضرت امیرالمؤمنین و حضرت مجتبی (ع) فقط در برنامه قائم آل محمد (ع) گذاشته‌شده است. (ص 51)» همچنین نویسنده در بحث مستقلی با عنوان «امام (ع) آگاه بود» (ص 56-72)، سی‌وسه دلیل آورده که امام از شهادت خود در کربلا آگاه بود و هدفش تأسیس حکومت اسلامی نبود و می‌دانست که پیروزی نظامی به دست نمی‌آید.
به نظر نویسنده هدف از قیام امام حسین (ع) شهادت بود و نه تأسیس حکومت اسلامی. از این رو کتاب شهید جاوید که هدف امام را تأسیس حکومت اسلامی دانسته است و نه شهادت، باطل است.
مقدمهٔ کتاب مشتمل بر 10 قسمت است که:
در قسمت اول به توصیف و بیان قیام امام می‌پردازد البته با ذکر این نکته که در توصیف قیام مقدس سیدالشهدا (ع) و شرح نهضت جاویدان و پایدار حسینی، زبان و بیان و الفاظ و کلمات ما در هر درجه از فصاحت و بلاغت هم باشد، عاجز و ناتوان است.
در قسمت دوم به بررسی هدف‌های قیام حضرت می‌پردازد ولی با تذکر نکاتی که بسیار لطیف و قابل‌تأمل است. ایشان بر این باورند که درواقع در بررسی هدف قیام و در کل هدف پیغمبر و امام باید محدودیت‌هایی قائل شد و خط قرمزهایی را قرارداد و بر آن‌ها پایبند بود.
در واقع بررسی هدف آن بزرگواران بر دیگران واجب نیست و اگر کسی خواست به این امر بپردازد و باید مناسب شئون امامت باشد و شامل توجیه و تفسیر و تعلیل تمام نواحی و اطراف این واقعه بی‌نظیر باشد.
در قسمت سوم به بیان اهمیت تأسیس حکومت اسلامی پرداخته و بیان می‌دارند که حکومت اسلامی وقتی تأسیس شده باشد، دست‌های ناپاک «زیاد»ها و «ابن زیاد»ها و «مغیره بن شعبه»ها و «شمر»ها و «خولی»ها از خیانت و جنایت و تصرف در بیت‌المال و تجاوز به نفوس و اعراض قطع و دست‌هایِ پاک افرادی مانند ابوذر و مقداد و سلمان و عمار و میثم و رشید و قیس بن سعد و حجر بن عدی و مسلم بن عوسجه و حبیب بن مظاهر، مصدر کار می‌شود.
در قسمت چهارم به این مطلب می‌پردازد که اگر امام زمینه را مساعد می‌یافت در تأسیس حکومت اسلامی با جدیت اقدام می‌فرمود. ولی آیا شرایط و اوضاع مساعد بود؟ آیا تأسیس حکومت اسلامی امکان داشت؟
در قسمت پنجم بیان می‌دارد که مدارک و مصادر معتبر تاریخی دلالت بر آن دارد که امام بر شهادت خود و حاصل نشدن پیروزی نظامی علم و آگاهی داشت و هدف آن حضرت از قیام، اعلان بطلان حکومت یزید و احیاء دین و رفع اشتباهات و انحرافات فکری و... بود.
در قسمت ششم و هفتم ابتدا با بررسی کوتاهی پیرامون کتاب «شهید جاوید» و برداشت‌های آن از قیام سیدالشهدا (ع) به این نتیجه می‌رسند که: «اساس کتاب شهید جاوید باطل است» (ص 80)، چون ازنظر اصول مذهب شیعه، ائمه (ع) هر کاری انجام دادند و هر کاری انجام بدهند به عهد و امر خداوند بوده است؛ و دلایل نویسنده «شهید جاوید» که نظر خود را موافق نظر شیخ مفید و سید مرتضی و شیخ طوسی دانسته، مردود است و سخنان عالمان مزبور در پاسخ اهل سنت و با توجه به مقتضیات عصرشان است. درجایی از کتاب تصریح شده که همه کتاب شهید جاوید بر محور سخنی از سید مرتضی در تنزیه الانبیاء دور می‌زند (ص 149)، اما درنهایت تفاوتی میان نظر سید مرتضی و مؤلف «شهید جاوید» گذاشته شده است.
در قسمت هشتم حول بخش دوم کتاب «شهید جاوید» سخن به میان آمده که در آنجا ذکرشده «نهضت‌های علما که بدون نیروی نظامی و مالی انجام گرفته محکوم و غیر عقلایی است» و این بخش به ترویج خمودی و سکوت و برگزیدن حال انزوا که در عصر ما بسیار مضر است می‌پردازد و مؤلف کتاب حاضر در این قسمت به نقد کوتاهی در این موضوع می‌پردازد.
در قسمت نهم از مقدمه به این نکته اشاره می‌کند که اساس کتاب «شهید جاوید» بر این است که قیام امام منحصراً برای تأسیس حکومت اسلامی بوده و هدف دیگر در کار نبوده است؛ و چون با اصول مذهب تشیع نمی‌توان تحلیل و تفسیر صحیحی از این نظریه داد و از طرف دیگر اهل سنت و خاورشناسان را نیز نمی‌توان این‌گونه قانع ساخت؛ طبعاً صحت این نظریه تأیید می‌شود که امام در این قیام مأموریت فوق‌العاده‌ای داشت و...
در قسمت آخر مقدمه به کنار زدن پرده‌های ابهام اختصاص دارد و مؤلف اشاره می‌کند که توضیحی از شیخ نعمت‌الله صالحی نجف‌آبادی به دستمان رسیده که وی در آن، مقام علم و عصمت امام را تصدیق کرده است و پیغمبر و امام را عالم به «ماکان و ما یکون» می‌داند و اظهار می‌کند که چون هدف ایشان از تألیف کتاب پاسخ به اهل سنت و خاورشناسان بوده، مباحث کتاب با صرف نظر کردن از علم غیب امام و تنها از نظر مجاری طبیعی مطرح شده است؛ ولی مؤلف کتاب «شهید آگاه» خاطر نشان می‌سازد که بنابر شواهد و قراین موجود در کتاب، سعی نویسنده برخلاف آن چیزی می‌نماید که اظهار داشته و در سرتاسر کتابش در مقام رد این قبیل روایات اصیل شیعی برآمده است.
بخش اول:
بخش نخست که مشتمل است بر 24 قسمت، به بررسی بخش‌های مختلف و نکات اساسی کتاب «شهید جاوید» پرداخته و پاره‌ای از کج‌فهمی‌های نویسندهٔ آن را مشخص می‌نماید و در نهایت از قیام امام با وجود علم و آگاهی کامل به سرانجام کار، چنین تعبیر می‌نماید که روح آن، تعبد به شهادت و فرمان‌پذیری و تسلیم در برابر امر خدا؛ و از اهداف آن تسلیم حکومت نشدن و امتناع از بیعت و اعلان مشروع نبودن حکومت و امر ب معروف و نهی از منکر بود؛ و بلند کردن پرچم مظلومیت و آوردن فرزندان و عزیزان در میدان شهادت و اهل و عیال در معرض اسارت، همگی به‌صورت اتماماً للحجه و کوشش و تلاشی فداکارانه و جان‌نثارانه در راه یاری دین خدا بود.
بخش دوم:
بخش دوم کتاب مشتمل بر 20 قسمت است. در قسمت‌های اول تا نهم به بررسی ماهیت قیام حضرت سید الشهداء پرداخته و هر جا که خدشه‌ای بر علم و مقام امام وارد شده است، ایشان در مقام پاسخ برآمده و جوابی درخور و شایسته داده‌اند.
در ادامه و در قسمت دهم تا به پانزدهم مربوط به دفع توهم دربارهٔ مطلبی است که نویسندهٔ «شهید جاوید» با آب و تاب به آن پرداخته و آن پیشنهادهای صلحی است که به امام نسبت داده است.
و در قسمت 16 به پاسخ مغلطهٔ بزرگ «شهید جاوید» مبنی بر «به ضرر اسلام تمام شدن شهادت امام» می‌پردازد: «چون شهادت مطلوب و محبوب خدا بوده است، پس شهادت سید الشهداء (ع) ضربه‌ای به اسلام محسوب نمی‌شود» و مفصل به این توهم پاسخ می‌دهد.
در قسمت‌های هفدهم تا بیستم به بررسی بخش‌های دیگری از کتاب پرداخته که یکی از آن‌ها دربارهٔ مقایسهٔ معاویه با یزید و برداشت غلط نویسنده از این موضوع دربارهٔ هدف قیام است. در بخش دیگری که «اهل سنت چه می‌گویند؟» نام دارد، ناقد متذکر شده است که نویسنده «شهید جاوید» به هیچ وجه پاسخی منسجم و قابل قبول به اهل سنت نداده، بلکه تنها به گفتار برخی بزرگان آنان نظیر ابن‌عربی و ابن‌خلدون صحه گذاشته است.
بخش سوم:
در بخش سوم که مشتمل بر 30 قسمت است به بیان مراحل قیام و سیر قیام حضرت اباعبدالله (ع) پرداخته است و به بیان و کیفیتِ ما وقع در عاشورا، البته در مقام پاسخ به اشتباهات نویسندهٔ «شهید جاوید» پرداخته است.
بخش چهارم:
آیت‌الله صافی در بخش چهارم که مشتمل بر 31 قسمت است، در قسمت‌های گوناگون به بیان موضوعاتی مختلف می‌پردازد؛ ازجمله در ابتدای بخش، به خطبه‌ای از امام حسین (ع) می‌پردازد که بیان حضرت در این خطبه بر کتاب «شهید جاوید» خط بطلان می‌کشد؛ و در قسمتی دیگری از این بخش، به بررسی کتاب «السیاسه الحسینیه» از موسیو ماربین آلمانی پرداخته و اصول مطالب آن را در موضوع قیام، برخلاف دیگر کتب مستشرقین، موافق با مبانی تشیع می‌داند؛ و سپس به چهار اشکالی به ماربین و کتابش شده، پاسخ می‌گوید (جالب اینجاست که نویسنده «شهید جاوید» از بین تمام مستشرقین تنها به کتاب ماربین که علامه شرف‌الدین وی را به خاطر کتابش حکیم آلمان نامیده، حمله کرده)؛ و آنگاه با رسیدن به ادعای «به سود اسلام نبودن ماجرای عاشورا» می‌نویسد: «کاش پیش از این مرده بودم و عمر به من این‌قدر مهلت نداده بود تا زنده بمانم و در محیط تشیع این نغمه را بشنوم که قیام و شهادت سرور فداکاران، راه اسلام سیدالشهدا(ع)، به سود اسلام نبود.» سپس به این اشکال پاسخ می‌دهد و برای مثال سخنی از امیرالمؤمنین (ع) را می‌آورد که این قیام شیعه را باقی‌تر و افزون‌تر ساخت؛ و در قسمت دیگر این بخش، به بررسی شعر معروف «ان کان دین محمد لم یستقم الا بقتلی یا سیوف خذینی» می‌پردازد.
بخش پنجم:
در بخش پنجم که مشتمل بر 18 قسمت است. حضرت آیت‌الله صافی می‌نویسد: «این بخش از کتاب آثار نامطلوب تهاجم وحشیانه حکومت ضد اسلام یزید و آثار پرارزش قیام جوانمردانه امام حسین (ع) را مطرح کرده است، ولی طوری تنظیم شده که قیام امام (ع) بی‌ارزش و بلکه روی هم رفته زیان‌بخش معرفی می‌شود و افراد بی‌اطلاع گمان می‌کنند نتایج و آثار نامطلوب قیام بیشتر و مهم‌تر از نتایج مطلوب آن بود و مفسده‌اش از مصلحتش که غیرقصدی بود زیادتر شد که این برداشت نادرست است.» و همین‌طور آثار ذکر شده در شهید جاوید را می‌آورد و هریک را بررسی و بعضاً به بوتهٔ نقد می‌کشاند.
در بخش آخر و پس از فهرست ملحقات و اضافات آمده است که در آن به توضیحات مفصل‌تر در مورد برخی بخش‌های کتاب (که با شماره‌هایی در متن مشخص‌شده‌اند) پرداخته و طبق شماره بندی توضیحاتی ابراز داشته است.
