نام  مسجد «حنانه» مشتق از حنین است و این مسجد را از آن جهت «حنانه» نامیده‌اند که پس از جسارت به رأس مطهر سیدالشهدا (ع) ناله حزن‌انگیزی از زمین برخاست و صدای آن شنیده شد.